Die Brennerei wurde um 1800 von John Bulloch als Duntocher Distillery erbaut. Nach seinem Bankrott übernahm sein Sohn Archibald Bulloch 1822 die Destillerie, doch auch er musste schon 1826 Bankrott anmelden. Vermutlich ging aus der bestehenden Duntocher Distillery im Jahr 1823 die heutige Auchentoshan Brennerei hervor. Darüber, ob es sich bei der Auchentoshan-Brennerei tatsächlich um die frühere Duntocher Distillery handelt, herrscht in der Literatur keine Einigkeit. 1834 verkaufte die inzwischen gegründete Bulloch & Co Ltd. die Brennerei an John Hart und Alexander Filshie. 1875 wurde die Destillerie renoviert und 1878 an C.H. Curtis & Co. verkauft, welche sie 1900 an Alexander Ferguson & Co Ltd. veräußerten. Schon 1903 ging die Brennerei an George & John McLachlan Ltd., welche 1923 in McLachlans Ltd. umbenannt wurden. Im März 1941 wurde die Destillerie bei einem deutschen Fliegerangriff teilweise zerstört und erst nach dem Zweiten Weltkrieg wieder aufgebaut. Am 3. Februar 1948 wurde sie wieder in Betrieb genommen. In den 1960er Jahren übernahm J & R Tennent Ltd. den damaligen Eigentümer McLachlans Ltd., um schon 1964 selbst von Charingtons – welche ab 1967 Bass Charington hießen – geschluckt zu werden. 1969 wurde Auchentoshan an Eadie Cairns Ltd. verkauft, welche sie 1984 an Morrison Bowmore verkauften, womit sie letztendlich 1994 bei Beam Suntory landete. Heute ist sie eine der letzten in Betrieb befindlichen Brennereien in den Central Lowlands.

Auchentoshan rum cask