Die Geschichte der Destillerie geht zurück auf das 15. Jahrhundert, als Viehhändler und Viehtreiber ihren Whisky von einer Brennerei im Old Laird’s House am Ort der heutigen Brennerei bezogen. 1897 wurde die Brennerei dann durch offizielle Gründung „legalisiert“. 1906 ging sie bankrott, wurde jedoch 1909 wieder eröffnet. Bis 1956 zählte sie mit zwei Stills zu den kleineren Destillerien. Damals kamen zwei Brennblasen hinzu. 1958 wurden dann zwei weitere eingebaut. 1961 wurden erneut vier Stills hinzugefügt und 1964 durch eine weitere ergänzt. Damit war Tomatin zumindest kurzfristig die einzige schottische Whiskybrennerei mit einer ungeraden Anzahl von Stills. 1974 wurden drei weitere Brennblasen eingebaut und die eigene Mälzerei stillgelegt, seitdem wird das Malz von den Glen Ord Maltings bezogen. Zum damaligen Zeitpunkt war Tomatin die größte schottische Destillerie mit einem Jahresausstoß von 12 Millionen Liter Alkohol. 1985 war Tomatin erneut insolvent und wurde 1986 von den japanischen Kapitalgebern Takara Shuzo Co. and Okara & Co. übernommen, die weitere neun Brennblasen einbauten. Takara Shuzo Co. and Okara & Co. wurden damit zu den ersten japanischen Eigentümern einer schottischen Whiskybrennerei. Seit 1998 firmiert sie unter Tomatin Distillery Co Ltd. Gemessen am Ausstoß, gehört sie heute zu den „Top-Ten-Brennereien“ Schottlands.

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