Glen Elgin wurde 1898 von William Simpson, einem ehemaligen Manager der Brennerei Glenfarclas, und James Carle gegründet. Die Produktion begann im Mai 1900, wurde aber schon nach fünf Monaten eingestellt. Im Februar 1901 wurde Glen Elgin für 4000 Pfund auf einer Auktion an die Glen Elgin-Glenlivet Distillery Co. verkauft. 1904 ging die Brennerei wieder in Produktion, wurde aber schon ein Jahr später erneut geschlossen. 1906 kaufte der Weinhändler J. J. Blanche Co. die Brennerei für 7000 Pfund und startete die Produktion von Neuem. 1929 starb J. J. Blanche und Glen Elgin stand abermals zum Verkauf. 1930 wurde die Brennerei von Scottish Malt Distillers (SMD) gekauft, und die Lizenz ging an White Horse Distillers. 1964 wurde Glen Elgin renoviert und dabei von zwei auf sechs Stills erweitert. 1987 wurde die SMD von UDV/Diageo übernommen. 1992 wurde die Brennerei für eine weitere Renovierung geschlossen, auch um neue Stills zu installieren. Im September 1995 begann die Produktion aufs Neue.

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